Te diría que puede que los eliminases en el modo desafío y que por eso te aparecían como derrotados en el bestiario, pero si has ido directamente a por ellos (fuera del modo desafío) siguiendo la guía, descartado entonces.
Oye, que también pude haberme equivocado a la hora de hacer la guía pero aunque mi memoria me empiece a fallar algo, que yo recuerde en su momento no tuve problemas para entregar los 30 trofeos...
Puestos a buscar soluciones, hay monstruos MUY puñeteros para hacer que salgan e igual mataste a uno muy parecido pero que no era el correcto y pensaste "¡por fin!, ya está, a por el siguiente"... a no ser que se nos escape algo, es lo único que se me ocurre