Las debilidades de los Robot Masters son:
· Misión 1.
Crab Robot: Mega Ball.
· Misión 2.
Clown Man: Tornado Hold.
· Misión 3.
Grenade Man: Thunder Claw.
· Misión 4.
Frost Man: Flash Bomb.
· Misión 5.
Tengu Man: Ice Wave.
· Misión 6.
Duo: Ninguno.
· Misión 7.
Aqua Man: Astro Cannon.
· Misión 8.
Sword Man: Water Balloon.
· Misión 9.
Search Man: Flame Sword.
· Misión 10.
Astro Man: Homing Sniper.
· Misión 11.
Drop Penguin: Mega Ball.
· Misión 12.
Airship Solstice: Astro Cannon.
· Misión 13.1
Bass: Flash Bomb / Astro Cannon (sólo para evadir tiros).
· Misión 13.2
Cyclops: Flash Bomb.
· Misión 14.
En la misión 14, o sea, la última parte de la fortaleza de Wily tendrás que volver a enfrentar a los Robot Masters, pero cuando los derrotas, te obsequian una Energy Ball para que te recuperes y puedas llegar lo suficientemente sano para combatir al siguiente Robot Master. Trata de salir lo menos dañado posible para llegar con Wily en perfectas condiciones.

1: Tengu Man.
2: Clown Man.
3: Frost Man.
4: Grenade Man.
5: Astro Man.
6: Search Man.
7: Sword Man.
8: Aqua Man.
T: Transporte a Wily (se activa al matar a todos los Robot Masters de la
sala).
BOSS: Wily Ship Alpha: Flame Sword.
BOSS 2: Wily Ship Beta: Ninguno.