En esta sección describiré un nuevo sistema introducido exclusivamente en la versión DS, o cual es el Navi Party System. Habrá cierto punto en el juego en el cual se abrirá un portal especial en tu HP en el cual se encontrará una máquina con la cual puedes manejar una party de navis. Las navis que puedes incluir en tu party son los mismos miembros del team de la versión en la que te encuentres, pero necesitas primero completar una Liberation Mission antes de que tengas la posibilidad de hacerlo.
Las navis que se encuentren en tu party podrán ser utilizadas en cualquier momento de una batalla (a menos de que haya una restricción por parte del escenario); la condición para este sistema es que sólo puedes cambiar tres veces por batalla, así que aprovecha.
Cuando estás en Full Synchro y haces cambio con cierta Navi puedes activar un Double Attack, en el cual tú y la Navi atacarán al enemigo haciendo equipo (como una especie de PA). Sólo está disponible esta opción con ciertas navis. También, si una de tus Navis tiene equipado un programa especial (P. Spport) entonces, esa Navi estará dispuesta a ayudarte en batalla, dependiendo de la Navi será el diferente efecto con el que efectuará ese apoyo.
Ahora una descripción para cada versión.