La versión DS incluye nuevas y dinámicas opciones que hacen el juego mucho más agradable, todo gracias al sistema de la pantalla táctil y de otros sistemas agregados.
**** Liberation Missions.
En Liberation Missions, si liberas una misión en donde haya dos de tus personajes activos (es decir, que no los has ocupado en esa fase) puedes tener dos Navis como soporte. Esto es muy similar al Party Battle System, sólo ten en cuenta que cada vez que haces esto, ambas Navis no pueden volverse a escoger hasta la fase siguiente.
**** Voces.
Ahora el juego incluye voces humanas, pero sólo para ciertas ocasiones. En general son puras expresiones. Nada totalmente diferente.
**** Pantalla de título.
En la pantalla de título tienes espacio para grabar dos archivos. En cada uno puedes seleccionar la versión Team Protoman o la versión Team Colonel, así que puedes tener un archivo para cada versión. Cuando ya tengas un archivo e insertes un cartucho de MMBN (cualquiera de la serie) en el espacio de cartuchos de GBA (antes de prender el DS) tendrás beneficios secretos.
**** PET Screen.
Una vez que estés jugando tendrás en la pantalla táctil la PET Screen de la cual puedes escoger en entrar a las opciones de tu PET (Access), Jack In o Jack Out (dependiendo si estás dentro o fuera de la red) y el mapa (Map, sólo cuando estás en la red). Cuando entras a las opciones de tu PET (Access) encontrarás:
- En la parte superior izquierda, tu HP.
- En la parte superior central, tus Zennys.
- En la parte superior derecha, el número de Bugfrags que tienes.
- En la parte inferior izquierda, el botón que te envía de regreso a la PET
Screen.
- En la parte inferior derecha, el nombre de la zona en que te encuentras
(funciona dentro y fuera de la red).
- Chip Folder: el lugar donde equipas chips a tu fólder y ves todo el paquete
de chips que tienes.
- Net Navi: te permite ver los atributos de Mega Man, entre ellos los
programas equipados en el Navi Customizer, la capacidad del fólder, las Souls
obtenidas y los atributos de tu Buster. También puedes acceder al NC (Navi
Customizer) desde aquí. En esta pantalla cuando dispones ya de una Navi Party
puedes ver los atributos de tu Party presionando NEXT y también puedes
configurar los programas que carga cada Navi.
- Network: con este menú puedes conectarte con otros jugadores para iniciar un
torneo.
- Sub Chip: abre la pantalla en la cual muestra tus Sub Chips.
- E-mail: abre la pantalla en la que muestra todos tus correos recibidos,
filtrados en correos del Team, de amigos y otros.
- Map: te permite ver el mapa general de toda la red, los sitios que
identificas son en los que has descubierto el mapa.
- Data Library: aquí puedes ver el registro de todos los chips que han pasado
por tu fólder (aún cuando ya no dispongas de una muestra de ellos). Puedes ver
los Standard Chips, Mega Chips, Giga Chips, Dark Chips, Secret Chips y Program
Advances que conoces.
- Key Item: ítems que son útiles en cierto punto del juego.
- Save: te permite grabar tu juego.
Cuando alguno de estos menús esté en color rojo significa que no los puedes usar en ese momento (especialmente en Liberation Missions).
**** Party Battle System.
En cierto punto del juego tendrás la posibilidad de tener una Party de Navis.
Esta Party te ayuda en las batallas a menos de que te coloquen la restricción
para ello (en ciertos escenarios). En tu Party puedes colocar a dos miembros
de tu Team (depende de versiones) y esas copias surgen generalmente después de
haber completado una Liberation Mission.
- Cuando tienes una Navi Party, puedes ver en la esquina superior izquierda de
la pantalla normal el HP de tus Navis.
- A las Navis de tu Party les puedes colocar programas en su NC, pero los que
usas en ellos son diferentes a los que usa Mega Man, con lo cual no hay
compatibilidad.
- La Navi que tenga el programa "P. Spport" en su NC hará su acción especial
cada vez que salgas de la Custom Screen (es decir, después de escoger chips).
- Durante una batalla puedes cambiar para pelear con cualquiera de las Navis
de tu Party, pero sólo puedes cambiar tres veces por batalla.
- Cuando Mega Man esté en Full Synchro y actives el cambio con cierta Navi (no
funciona con todas) ocurrirá un Double Attack, que es una especie de PA (pero
no es un PA en esencia).
- En tu Party Customizer (es decir, el NC de tu Navi compañera) debes seguir
dos simples reglas:
1. Una Navi sólo puede cargar cierta cantidad de espacios, no se le pueden
incrementar esa cantidad y no puede cargar programas que sobrepasen ese
límite.
2. No debes colocar dos programas del mismo color junto o causarás un Bug en
la Navi.
**** TP Chip.
Este chip permite cambiar a un miembro de tu Team por otro de la Team
contraria (es decir, puedes cambiar un miembro de Team Protoman por uno de
Team Colonel mediante este chip y viceversa). Estos chips son bastante raros y
encontrarlos es una gran ventaja.