Créditos en esta sección:
* TitaniumMegaman, por la localización de algunos chips.
* La gente que colocó los códigos en GameFAQ's.
De nueva cuenta tenemos varios chips para recolectar. Esta vez es un poco difícil formar un buen fólder desde un principio pero aún así ni queda descartada la opción de buenos combos. Al igual que en la versión anterior no podrás conseguir V2 Chips hasta llegar a cierta parte de Nebula Area (en el juego anterior tenías que iniciar Hard Mode para V2 y Super Hard para V3) y eso también resta la posibilidad de hacer combos aún más poderosos, pero la recompensa es valiosa. En seguida incluiré la lista de chips y dónde pueden ser hallados.
== Sobre virus V2/3 y chips V2/3
Notarás que durante el modo historia ningún virus te dará su V2 chip, esto se debe a un factor muy grande, debes tener acceso a Nebula Area para que los virus se hagan "más fuertes" y de esa manera puedas obtener su chip al vencerlos. Primero, para poder hacer esto debes haber completado el juego al menos una vez y tener 100 diferentes tipos de Standard Chips registrados en tu librería; después requieres ir a una zona especial de Undernet 2 (debes ingresar por medio de Undernet 3), en esa zona hay un Mr. Prog dorado que te puede abrir un agujero para entrar a Nebula Area1. Al abrir este agujero, todos los virus de la red y los GMD de la red (excepto de algunas áreas) se actualizarán a ser V2.
Ejemplo:
Antes de abrir esa puerta, en ACDC Area enfrentas a Mettaurs sencillos, al abrir el agujero enfrentas a Mettaurs actualizados (las V2). Ahora, hay otro agujero que permite las V3, pero requieres primero completar la Liberation Mission de Nebula 1 y Nebula 3. En este caso, ya estando libre Nebula 3 habla con el Mr. Prog dorado que te pide 140 Standard Chips registrados en tu librería, cuando cumplas su requisito abrirá el agujero que permite la actualización a V3.
* NOTA: siempre puedes cerrar los agujeros para así quitar a las V3 y dejar a las V2 y también quitar a las V2 y dejar a las V1, sólo debes hablar con el Mr. Prog dorado.