Al tomar las botas podrás ejecutar un doble salto, lo que te permitirá alcanzar zonas que antes no podías. Ahora ve hacia la plataforma que tiene una zona segura, localiza la puerta y sigue ese camino hasta encontrar un enemigo de luz, elimínalo con una carga de Power Beam y generará una zona segura, ahora cruza y llega a la puerta. Ahora activa los beacons y avanza, llegarás a la misma zona del portal, ve hacia allá y activa el portal de la misma manera que el anterior (el portal tiene información), luego ve hacia el Light World.
Al regresar activa de nuevo el portal y escanéalo para obtener una research, también verás que la puerta que abriste en el Dark World se encuentra abierta en este mundo por las razones que ya mencioné. Avanza hacia ese punto y te saldrán 3 Space Pirates, elimínalos y sigue hasta la puerta, luego verás que hay una media pipa y al final un mecanismo de bomba, actívalo y se levantará la barrera para que tomes el misil, sigue por la puerta y escanea las plantas del otro lado, luego ve por la arena en Morph Ball y llegarás de nuevo a la Save Room, graba.
Ahora sal de ese lugar y ve hacia la derecha y sigue hacia enfrente, encontrarás una puerta, ábrela y coloca una bomba en el obstáculo, sigue ese agujero y llegarás a una Map Station, así que descarga el mapa. Una vez que lo tengas sal del cuarto y empieza a subir, cuando te encuentres en la plataforma de centro no olvides codificar la Lore que está cerca y que seguramente viste antes; ahora ve hacia Mining Station A (donde enfrentaste pro primera vez a los Space Pirates), aquí sube hasta llegar al cauce de arena, allí verás una plataforma, sube en ella y enfrente verás una abertura, ve por ahí y sigue ese camino hasta el final donde encontrarás una Lore y un panel que abrirá la reja que está cerca, regresa a la plataforma y apóyate para llegar a la puerta.
En el otro cuarto ve hacia enfrente hasta que veas a Space Pirates, para eliminarlos muy sencillamente dispara a los barriles con Phazon adentro (Phazon es una sustancia azul, muy dañina para Samus y para ciertos enemigos también). Cuando los elimines abre la puerta roja y ve adentro, allí avanza y verás un video en donde se mostrarán más Space Pirates; cuando retomes control inmediatamente escanea la nave de los Space Pirates ya que en un futuro es complicado conseguirlo, luego empieza a matar Space Pirates, cuando termines con los 3 sigue enfrente y aparecerán otros dos, al eliminarlos aparecerán otros 2 en el nivel superior y se montarán en las torretas, escanéalas (nuevo enemigo) y destrúyelas. Al finalizar la barrera desaparecerá y podrás ir tranquilamente por la puerta, si quieres recuperarte a los lados hay cajas que puedes destruir.
En la habitación de enfrente verás que la puerta de fondo está recubierta con una capa oscura y por ende no se puede abrir, pero hay ciertas grietas en el suelo, usa una bomba para quitar ese bloque de rendijas y pasa por abajo en Morph Ball, así llegarás a un centro de comando de los Space Pirates, pero no te preocupes que por ahora no te ven; al ver las barreras eléctricas, cruza las primeras 2 y luego verás una abertura a la derecha, sigue ese camino y al final habrá un misil, ahora regresa y completa el camino. Al salir empieza a matar Space Pirates hasta que no quede ninguno, luego empieza a colectar información acerca de los planetas y de las máquinas. En seguida ve y activa el elevador, sube por allí y sigue enfrente hasta que un Space Pirate te ataque desde otro cuarto, elimínalo y sigue por la puerta.
Al entrar ve hacia el compartimiento que se encuentra entre puertas, allí cuando te acerques verás a Dark Samus, quien se despedirá sin decir adiós, allí mismo trata de obtener la Log que se encuentra en rojo en ese mismo compartimiento, luego ve hacia la puerta que se encuentra al este y allí mismo encontrarás el panel que desactiva la puerta de seguridad del centro de comando, regresa allá y ve por esa puerta.
Al entrar verás que dos torretas se activan, (nuevo enemigo), elimínalas con misiles o con tiros cargados de Beam, al destruirlas ve por el campo de lásers, crúzalo y abre la puerta. Llegarás ahora a un campo en donde tienen prisioneros a los Metroids, por fortuna ninguno escapa; ve hacia arriba y cuando encuentres el gran contenedor escanea al Metroid (nuevo enemigo), luego ve hacia atrás de ese contenedor y encontrarás una Lore. Ahora ve por la puerta, al entrar encontrarás una torreta, elimínala y sigue hasta el mecanismo, actívalo con una bomba y sal por la puerta.
En este cuarto conocerás a un nuevo enemigo, el Pirate Aerotrooper, éstos son difíciles de matar si no es con misiles, así que encárgate de ellos. Al eliminarlos ve hacia el este del cuarto (viendo desde la entrada) y quita el seguro, verás que unas plataformas subirán, en seguida ve hacia el otro extremo del cuarto y nota que están muchos paneles. Viendo hacia ellos, empieza por el de más a la izquierda, en sus paneles activa el de la izquierda 1 vez, luego ve al de en medio y haz lo mismo 2 veces y en el que sigue 3 veces. Ahora ve hacia las plataformas y súbelas para llegar a la parte de arriba en donde espera un Energy Tank. Ahora regresa a los paneles y haz lo mismo invirtiendo todo, para que la posición de las plataformas también se invierta, esto te permitirá llegar al siguiente cuarto.