ZERO
Localización: cuenta Zero.
Vida: aproximadamente 800 HP.
Ataques: HYPER SABER AND Z-SABER.
Dificultad: difícil.
Elemento: neutro.
Chips recomendados: PA Z-CANNON, LIFESRD3, ROLL, GUTSMAN, COLORMAN, ELECMAN.
Estrategia: este jefe es una copia del original Zero de la serie Megaman X, pero este es de mayor tamaño y poder. Sus ataques son muy poderosos, aunque nada más sean 2. El principal es el triple sablazo que se puede esquivar la mayoría de las veces, pero siempre reza para que no llegue el hyper sable, el cual consiste en un sable grande que es casi imposible de esquivar, excepto con escudos. De ahí en fuera sus ataques no son otra cosa.
Premio: Z-SABER Y ZERO (si conseguiste la rara codificación del área global 3).
SHADOWMAN
Localización: vacante de la WWW área 2.
Vida: 700 HP
Ataques: SHADOW BLADE, MURAMASA, MULTIFORM.
Dificultad: difícil.
Elemento: neutro.
Chips recomendados: GUTSMAN, ELECMAN, M-CANNON, PA Z-CANNON AND LIFESRD3.
Estrategia: este enemigo si que es problemático, ya que cuando desaparece, nunca sabes donde va a reaparecer, lo que lo hace peligroso. Sus ataques son muy similares entre si, ya que avienta las estrellas clásicas de los ninjas, así que ya te imaginaras el asunto. Esos ataques se pueden esquivar con un salto o con barrida, así que no son problema. No olvides que justo después de que tele transporta saca 2 estrellas en 2 direcciones diferentes, pero se pueden esquivar con un salto o barrida.
Premio: MURAMASA.
PHARAOHMAN
Localización: área legendaria de la WWW 2.
Vida: 1000 HP.
Ataques: PHARAOH LASER, RATTON, ANUBIS.
Dificultad: muy difícil.
Elemento: neutro.
Chips recomendados: M-CANNON, PA Z-CANNON, LIFESRD3, GIGADETH AND ZERCNTR.
Estrategia: este jefe si que cuesta trabajo vencer, ya que siempre anda volando de aquí para allá y acullá. Este jefe siempre tiene que llamar a un cofre, que suelta un láser o un ratón. Pero también puede llamar al malvado Anubis, que te irá bajando vida poco a poco sin dejarte dejar recargar tu Buster. Generalmente puedes matar al Anubis con olas, ya que como recorren el campo muy genialmente, no podrá resistirse el Anubis.
Premio: ANUBIS.
PROTOMAN
Localización: entrada de Undernet.
Vida: 800 HP.
Ataques: SWORD, Guide SWORD, GUARD, BETA SWORD.
Dificultad: muy, demasiado difícil.
Elemento: neutro.
Chips recomendados: DASHATK, GUTSMAN, SHADOWMAN, PHARAOHMAN, PA Z-CANNON.
Estrategia: Este jefe si que es un lío, así que es inútil intentarlo matar sin un Program Advance. Este enemigo generalmente se aparece detrás de ti de la nada para darte un buen sable. Lo que no sabes es que esos ataques son casi inevitables, en especial un ataque en donde saca un sablazo junto con una ola que es imposible evitar. Lo que es lo peor del mundo, es que tiene una barrera que si entra al contacto con un ataque lo convierte en ola, entonces la única forma de atacarlo es cuando él ataca (que confuso, no es así).
Premio: VARSWRD
LIFEVIRUS
Localización: Undernet 3.
Vida: aproximadamente 1000 HP o más.
Ataques: FIRE ARM, TREE BOMB, WOOD TOWER, THUNDER BEAM.
Dificultad: súper difícil.
Elemento. Neutro.
Chips recomendados: PA Z-CANNON, LIFESRD3, GIGADETH, ZERCNTR, ZERO, PROTOMAN, COLORMAN.
Estrategia: este es el jefe final, pero tiene 2 fases. La primera fase es la peor, ya que es la forma clásica que conocemos del virus con un aura que repela ataques de 100 para abajo, y lo peor es que esa aura no tiene debilidad. Si tienes chips excelentes como ProtoMan, resérvalos para cuando no tenga aura, porque sería un desperdicio. Lo peor de todo es que sus ataques si son muy poderosos.
La 2º forma es más fácil, pero con ataques más letales. Consiste en una especie de prototipo de virus rojo que va de aquí para allá como si fuera PharaoahMan, pero lo que es peor de todo es que si una de las gotas que va tirando te roca, te baja a lo máximo la mitad de tu energía, así que es importante cuidarse de esas y de que choques con el prototipo, ya que también baja una cantidad exagerada de energía.
Premio: ninguno.