Una vez allí Aaron les dejará mirar lo que les apetezca; Zack estará por allí preguntando y Tom estará en la parte de atrás espiando, pero una vez que escucha cierta parte, se pone muy molesto porque de nueva cuenta le robaron su invención... según él, aunque Aaron hablaba del plano de un cohete. Entonces Aaron dice que el recorrido en el SpaceSim comenzará pronto y se llevará a los chicos con él. De vuelta con Geo, puedes ver que la gran pantalla en la pared puede ser prendida para así revelar un wavehole; ahora vuelve al museo y camina hasta el final donde hay un tipo, entonces habla con él. Recibirás entonces un traje especial como el de los astronautas puesto que SpaceSim simula exactamente el espacio: no gravedad y no oxígeno y cuando lleguen todos entrarán al simulador. Mientras tanto Tom está tan molesto porque le ha pasado de la misma manera que la vez anterior y como sus emociones le controlan, Cygnus aprovechará y se introducirá en el Transer de Tom.
Una vez adentro todo se cerrará y podrás explorar la zona. Habla con todos y por última instancia habla de nuevo con la chica de la entrada para comenzar... aunque si revisas Júpiter recibirás un HPMem10. Durante el recorrido, una voz extraña mencionará que es turno del baile del cisne, y en ello aparecerá Tom hasta el tope de la estructura y después se transformará. Poco después todo mundo se encontrará haciendo el baile del cisne excepto Geo que se volteó a órdenes de Mega. Enseguida todos se esparcirán por allí bailando y tendrás que salir de allí, encontrar un wavehole y derrotar a Cygnus.
Primero ponte el visualizer para ver el Wave World en el espacio, pero no hay ningún wavehole disponible. Entonces dirígete al planeta Tierra y notarás que la puerta está cerrada, por lo que tendrás que encontrar a la guía del recorrido para tomar la llave; ella es la persona más cercana a Tierra, toma la llave, pero necesita un código para ser abierta. El código es el número de planetas en el sistema solar (8... sí, para quienes no lo supieron, Plutón ya no es planeta). Ya en el museo, el wavehole se encuentra en la parte oeste, detrás de la réplica del cohete espacial.
Ahora verás que el camino que conecta al SpaceSim está roto y eso es debido a que el generador de agujeros negros está desactivado aunque hay un portal para entrar en la máquina. Antes que nada ve hacia tu derecha (en Sci Museum EM-Rd) y encontrarás un transporte que te sacará detrás del mostrador de SpaceSim, sal por la puerta y recorre el camino que te llevará a tres telescopios; puedes activar el wavehole del de en medio y si examinas el del final recibirás un HPMem10. Regresa a la puerta y ve al Wave World y desde allí toma el transporte que te deja en el museo y sal.
Vuelve a entrar (hay una razón para esto) y continúa por el sencillo camino, pasando por el entronque que lleva hacia la siguiente zona, pero no vayas allá; sigue en el Sci Museum EM-Rd hasta llegar al siguiente entronque y toma la derecha para llegar a un BMW que contiene S.Claws, un arma para el Buster. Para equiparla tienes que abrir el inventario y el menú de Mega puedes seleccionar las armas para el Buster, además de ver los récordes con los que has eliminado a los enemigos en su versión SP; S.Claws te da Atk+2, Rpd+1 y Chg+1. Sigue hacia la izquierda y así llegarás al camino roto, donde puedes entrar a Black Hole Comp. Adentro dirígete hacia enfrente y luego toma la salida hacia arriba para llegar al panel de control, donde encontrarás a los virus culpables del malfuncionamiento. (Se me olvidó mencionar que en la salida noroeste hay un BMW con la Sub Card SmEnrgy)
Al hacerlo Mega Man saldrá de la red y podrás ver que el camino ahora estáíntegro así que úsalo para llegar a SpaceSim EM-Rd. Aquí avanza hasta el entronque principal y sigue por el camino de la derecha que te llevará directamente a un BMW que contiene la carta HeatBall2. Regresa al entronque y toma el otro camino y cuando llegues a la camina toca el portal para entrar en él.