Este personaje se murió en el capitulo anterior de Megaman X a causa de los restos de Sigma. Pero en este juego lo ves en el enemigo del principio y como se ha hecho más fuerte su Buster es más fuerte, ya que puede matar a un enemigo en cuestión de golpes.
Armas:
Yammar Option: la misma que X, sólo que al sacarla y dar un sablazo, los disparos saldrán en ese momento.
Ensuizan: es un ataque muy efectivo contra los enemigos, porque consiste en que Zero da vueltas en el suelo y como los giros son realmente rápidos, pueden destruir a un enemigo en cuestión de segundos (excepto jefes).
Guard Shell: el mismo que X.
Hyordga: con este truco puedes dar un gran salto, y puedes quedar pegado al techo y con eso puedes disparar copos de nieve alrededor del área sobre la cual te encuentres.
Shdenzan: es un arma parecida a la del Megaman X4, sólo que ahora la harás mientras estás en el piso, pero aún así no deja de ser un arma poderosa y efectiva contra los enemigos voladores.
Rekkoha: este es un ataque parecido al Ray Arrow recargado de Megaman y es principalmente el Giga Attack, ya que estrella la mano contra el suelo para activarlo.
Rakukojin: es una combinación de espada y la de X. Esta arma es limitada y es una espada que cae, y al momento de chocar contra el suelo, se transforma en un ancla que va por cualquier lado.
Sentsuizan: este es un ataque al cual es difícil atinarle al enemigo, ya que se debe ejecutar en el aire y su ángulo de ataque es aprox. De unos 45º. Se trata de un sablazo desde el aire que cae y azota a las víctimas del suelo y es efectiva contra pequeños enemigos en conjunto.
Z- Saber: es el arma que no puede dejar Zero, ya que con ella se protege y destruye a las criaturas que lo molestan.
Z- Buster: este es diferente al del X5, ya que este es más poderoso y letal.