Mega Man ZX parece ser una continuación de la serie Zero por el mismo estilo de juego que presenta, además de que la historia contiene rastros del Mega Man Zero 4 sin dejar datos muy en claro. Este juego es protagonizado por Vent/Aile, quien es el elegido para usar los Biometal y combatir a las fuerzas de Serpent, quienes tratan de utilizar el Modelo W para destruir al mundo.
Ahora al punto, lo nuevo en Mega Man ZX:
- Biometal: los Biometal actúan como armaduras. A diferencia de que lo sería un Style o una Form en los pasados Mega Man Zero, el personaje puede fusionarse con el Biometal cuando uno quiera. Cada Biometal otorga al personaje habilidades únicas, además de que los Biometal también otorgan poder elemental. Más detalles en la sección 2.
- Los Biometals (excepto los modelos X y ZX) te ofrecen la capacidad de hacer un "Overdrive"; esto significa que puedes activar un estado especial donde tus ataques tienen más poder y tu movilidad es mayor pero a cambio, tu barra de energía de Biometal decrece.
- El personaje ahora tiene la habilidad de agacharse y deslizarse por pequeños espacios.
- Cada jefe tiene un punto débil, si dañas su punto débil estarás dañando también al Biometal que éste tiene. Sin embargo, si encuentras su punto débil harás más daño.
- Al terminar cada batalla con un jefe, se te calificará en escala de uno al cuatro (siendo cuatro lo mejor). Esto varía dependiendo de cuántas veces heriste al Biometal.
- El juego tiene compatibilidad con los cartuchos de Mega Man Zero 3 y Mega Man Zero 4, aunque sólo se ocupa en el Sector N (consultar sección 6.18).
- Los Cyber Elves ya no forman parte del inventario aunque todavía aparecen en la historia.
- Para incrementar tu vida, se reintroducen los Life Up.
- La pantalla Touch Screen se utiliza como complemento para los Biometal, a pesar de que sólo tiene una función en la que realmente la utilizas junto con el Stylus.