Al salir, vete a la casa de Astrid y después de una conversación te dirá que vallas al Templo del Rey del Océano y te dará un cristal del poder. Ahora vete a la Isla Mercay y una vez allí ve hacia el norte para ir al Templo del Rey del Océano. Una vez dentro del templo Oshus te dirá que hay una forma de ir por el templo sin perder vida. Vete al altar y conseguirás el objeto que le da nombre al juego, el “Phantom Hourglass”. Este objeto es el que te permite ir por el templo sin perder vida, aunque no es tan bonito como parece, ya que cuando la arena del reloj se acabe, ya no funcionará y tendrás que salir afuera si quieres recargarlo. Otra cosa más que deberás saber es que mientras estés en las zonas seguras, el tiempo no correrá.
Ahora que tienes el reloj, adéntrate en el templo. Tendrás 10 minutos para llegar al fondo. Procede al primer piso y baja por las escaleras. Cuando llegues al fondo, aparecerán dos espectros en las esquinas de la habitación. A parte de no poder dañarlos con la espada, si te golpean, te quitarán 30 segundos del reloj. Para evitarlos, quédate en todo momento fuera de su campo visual; en las zonas seguras no te verán.
Este nivel lo empezarás en el centro de la habitación. Vete a la derecha hasta que llegues a una zona segura y entonces vete para arriba. Verás una puerta cerrada y un interruptor que tendrás que pulsar. Ahora vete todo el camino hasta el sur, entonces a la izquierda hasta llegar a la siguiente zona segura. Usa el boomerang para llevar el fuego de la antorcha encendida a la otra que está apagada; se quitará el fuego en la esquina del Suroeste. Tendrás un tiempo límite después de pulsar el interruptor antes de que la primera antorcha se agote, así que date prisa. Después de que hagas esto, vete hacia el Oeste a la zona segura y ten cuidado con el espectro que anda de arriba para abajo por el pasillo. Una vez que esté más o menos a la mitad del camino mientras va hacia arriba, vete rápidamente a la zona segura del norte. Espera a que pase de nuevo y corre al norte y al Este para llegar a un interruptor que abrirá una losa de piedra que guarda una llave.
Cuando tengas oportunidad, corre y coge la llave; espera a que el espectro gire. Ahora regresa a la puerta cerrada esquivando a los espectros del camino, pasa por ella y baja las escaleras. Nada más llegar a este nuevo piso, verás un espectro un poco a la izquierda que no se mueve, pero de vez en cuando cambia su punto de vista. Primero vete hacia el sur y verás un interruptor un poco a la izquierda. Golpéalo y el espectro lo oirá y vendrá corriendo; cuando haga eso, regresa al norte pasando por donde el espectro estaba parado y golpea un segundo interruptor que dejará caer una llave del techo.