El sistema de batalla es lo característico del juego, no por ser RPG tiene que ser un juego en el cual se juegue a turnos, sino que tienes la capacidad de moverte libremente y utilizar tus técnicas y demás libremente.
Para entrar a una batalla en campo abierto se debe encontrarse con los enemigos negros, esos son sólo una ilusión vaya que al entrar en batalla se ven los verdaderos enemigos. Otras batallas como la de los jefes y enemigos en ciudades son obligatorias.
En batalla el objetivo es hacer que el enemigo alcance 0 HP, pero hay batallas en las que participan más de 2 enemigos, por lo que tienes que decidir tu objetivo usando el botón R para decidir; aunque si golpeas varias veces a un enemigo al que no has enfocado lo enfocarás automáticamente.
En batalla puedes hacer una serie de golpes que se llaman combos, normalmente con el botón A sólo puedes hacer de 3 a 5 golpes, pero los ataques especiales, llamados Techs, te ayudan a incrementar el número de combos que tienes (ojo, las técnicas tienen que ser elegidas primero en el menú de técnicas y asignarlas).
En batalla tus personajes pueden morir pero los puedes revivir con ayuda de unas botellas llamadas Life Bottles o con técnicas de otros personajes; pero si todos llegan a 0 HP, la pelea acaba y dependiendo de la condición tendrías que reiniciar desde la última vez que grabaste o sólo continuarás con poco HP.
Así mismo, con otros ítems en batalla puedes quitarle males y curar a tus personajes, así como incrementar su TP si es que está bajo. En batalla tus personajes pueden recibir status malignos, como los siguientes:
* Poison (burbujas verdes): estás envenenado y tu HP baja gradualmente.
* Deadly Poison (burbujas verde fuerte): tu HP cae muy rápido.
* Paralysis: no puedes hacer ciertos ataques.
* Petrified: eres una roca.
* Sealed: te impide el uso de técnicas.
* Dead: muerto.
Para todos estos status debes usar un objeto llamado Panancea Bottle para quitarte el efecto, pero para cuando estás muerto alguien más debe usar una Life Bottle en el personaje para revivirlo.
También hay status causados por magia, generalmente esos se ven representados como un escudo y/o una espada con una flecha azul apuntando hacia abajo, eso indica que la defensa y/o ataque han bajado temporalmente, para esto puedes quitarlo con la técnica Dispel y sus derivadas (Raine).
Cuando aprendas a hacer Unison Attacks, estos son ataques conjuntos de los miembros de tu grupo para hacer mayor daño (revisa esa sección para más información), para activar este ataque es preciso presionar el botón Z, pero sólo se hará el ataque si golpeas al enemigo, si abanicas sólo habrás gastado tu barra (sólo puedes ejecutar el ataque si la barra morada / roja que se encuentra sobre la imagen de los personajes está llena). Aunque, si un enemigo te golpea justo antes de que lo golpees tú para iniciar el ataque, también será interrumpido y la barra solamente se habrá gastado. El Unison Attack se debe configurar en el menú con el mismo nombre, las técnicas curativas y que son de ayuda para el grupo no pueden hacerse, sólo sirven las técnicas que pueden causar daño.
También en batalla, cuando recibes cierto daño entrarás a un modo llamado Over Limit, en el cual te rodea un aura negra y el daño recibido será divido a la mitad, además de que no te afectan los golpes; en este modo Sheena también puede convocar a los Summon Spirits a batalla, pero no sólo aplica para los personajes de tu grupo, sino para jefes también.
Cada que terminas la batalla con ciertas características recibirás ciertos puntos de bonificación que se suman a tu experiencia, estos son los siguientes:
* No damage: si es que el enemigo no te tocó.
* Counter: si eliminas al enemigo justo antes de que te ataque.
* Skill: termina al enemigo usando una técnica.
* Summon: derrota al enemigo con alguien invocado.
* Aerial: elimina al enemigo en el aire, recibes más puntos si el enemigo es
terrestre.
* Combo: termina al enemigo con un combo.