Las habilidades, si mi memoria no me falla, con las mejoras de la torre te deja entrenarlas a más nivel, y por ejemplo también necesitarás menos niveles para alquimia.
Pero por ejemplo, respecto a alquimia, aunque no la vayas a usar para nada, es conveniente que hagas igualmente las misiones para mejorarla, ya que cada punto de experiencia cuenta en ese juego.